La pandémie de grippe de 2009 semble avoir inversé les scénarios de préparation des pandémies. À un virus H5N1 d’origine aviaire attendu depuis 1997 en Asie a succédé un virus d’origine porcine émergeant en Amérique. À une grippe très virulente mais peu contagieuse a succédé une grippe très contagieuse mais peu virulente. À la panzootie a succédé la pandémie. Pourtant ce scénario confirmait les hypothèses des experts sur l’écologie globale des virus : les virus de grippe circulent dans un réservoir animal, celui des oiseaux aquatiques considérés comme porteurs sains, avant de se transmettre aux humains par l’intermédiaire des porcs, considérés comme véhicule intermédiaire. Le virus H5N1 passait directement des oiseaux aux humains par une mutation, causant des réactions immunitaires catastrophiques ; le virus H1N1 était atténué par son réassortiment chez les porcs, dont les voies respiratoires sont plus proches de celles de l’homme - ce qui, ajouté à la mémoire immunitaire des personnes âgées ayant rencontré le virus H1N1 dans la première moitié du vingtième siècle, explique en partie le nombre relativement faible de décès.

Les autorités sanitaires internationales (OMS, FAO, OIE) relancent donc la surveillance des pandémies grippales au niveau du réservoir animal. La multiplication des zoonoses depuis une vingtaine d’années (maladies passant des animaux aux humains, comme l’Encéphalopathie Spongiforme Bovine ou « maladie de la vache folle ») a fait prendre conscience de la nécessité de surveiller la santé des animaux non seulement pour des raisons économiques mais aussi pour des raisons de santé publique. On a ainsi vu émerger le concept de « santé publique vétérinaire », conduisant à la collaboration des administrations en charge de l’agriculture et de la santé, dont les intérêts politiques semblent parfois diverger. Dans cette perspective, des normes de biosécurité sont diffusées dans les élevages du monde entier, en s’appuyant sur des réseaux locaux de vétérinaires, afin de limiter la contagion des virus qui y apparaissent et de lancer l’alerte avant leur arrivée dans les grandes villes. Ces mesures de surveillance produisent une recomposition des rapports entre les villes et les campagnes, entre le centre et la périphérie, entre le global et le local, entre les humains et les animaux. Une coupure que la pensée occidentale pensait définitive, et qui ne tient peut-être qu’à une étape de son histoire, est remise en question par l’intense circulation globale des animaux et par les virus qui les signalent aux humains.

Il s’agit alors de penser les aspects éthiques de cette surveillance globale des animaux. L’éthique se distingue ici de la morale en ce qu’elle ne distribue pas les fautes et les peines, mais propose une réflexion sur les normes et les formes de vie. Le 11 juin 2009, un article paru dans la revue Nature montrait que le virus H1N1 pandémique circulait déjà chez les porcs de Hong Kong : le Ministère de l’Agriculture des États-Unis en profita pour affirmer que les responsables de la pandémie n’étaient pas les porcs américains mais les porcs asiatiques, afin d’éviter un effondrement des ventes de viande porcine ; les auteurs de l’article répondirent que cela montrait plutôt que les élevages asiatiques étaient mieux surveillés que les élevages américains. Cette controverse scientifique illustre bien le passage de la morale à l’éthique dans la surveillance des animaux. Montrer le rôle des animaux dans l’émergence des pandémies n’est plus une façon de stigmatiser une origine sauvage, comme ce fut le cas lors des premières alertes sur la grippe aviaire dans le sud de la Chine : c’est une façon de montrer tout ce que les humains doivent aux animaux dans leurs dispositifs de surveillance et d’alerte. Les controverses sur la vaccination, qui ont fait ressurgir de vieilles craintes contre l’intervention sanitaire, ont ainsi permis de rappeler que les premiers vaccins mis en place par Jenner supposaient un transfert de souche de variole des vaches aux humains, et que les vaccins contre la grippe sont fabriqués depuis les années 1950 sur des embryons de poulet.